La Sede Número 2 del Liceo Moderno del Sur, ubicada en la Calle 29 #10‑46 de Ciénaga, Magdalena, tiene sus raíces en la antigua Escuela de Varones (6º). Esta sede fue incorporada oficialmente a la institución en el año 2003, cuando varias escuelas urbanas fueron fusionadas bajo el nombre de “Liceo Moderno del Sur” mediante decreto de la Secretaría de Educación Departamental.

Desde entonces, la Sede 2 ha funcionado como un espacio dedicado a la educación básica primaria y preescolar, atendiendo a niños y niñas del sector. A lo largo del tiempo, ha fortalecido su enfoque inclusivo, brindando apoyo a estudiantes con discapacidades y adaptando modelos pedagógicos como la Escuela Nueva y programas de aceleración del aprendizaje para mejorar la calidad educativa en la comunidad.